相反，共治政府决定启动最终方案方舟计划。
这是多年以前由共治政府牵头，与几个大国共同开发的避难计划。目的是在世界级灾难出现时，为人类提供最后的庇护。这座建在大洋中间的“方舟”基地，拥有集防御、生产、生活为一体的全套基地设备。但是，方舟基地的容纳人数是有限度的。
于是在整个撤离过程中，大量的难民被滞留，无数的普通军人被抛弃。最惨的还有向阿列克谢那群人一样，直接就成了吸引感染者的诱饵。在他们看来，大撤离并不是一场人道主义的救援和转移，更像是共治政府的“携款逃离”。
共治政府消极、保守的态度让维基·周十分失望。他离开了基地，并于几个月之后出现在了秋山真之的面前，没有人知道他是如何穿过感染者遍布的旷野，来到这个北陆帝国的。
而此时的秋山真之，已吸收了北陆高原所有的避难所，并占领了捷卡德琳堡。
秋山真之对维基·周的推测也抱有怀疑态度，但不同的是，这时候的他，还是把消灭感染者为第一信念的。
所以，他愿意赌一把。
几周后，秋山真之启动了军事基地，并向南印洲的元病毒（母体）定位地点发射了一颗原子弹。
剧烈的爆炸后，轰炸点出现了激烈的震荡，然后如同深渊般的巨大裂缝撕裂了大地，横亘在南印洲的土地上。
随后几周，观测点返回的数据表明，南印洲感染者的活跃程度明显下降，且没有再产生新的特殊变异体。
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